你局《关于安徽省农业科学院土地出让金征税问题的请示》（直地税〔2015〕12号）收悉，经研究，现批复如下：
一、关于营业税
根据《国家税务总局关于土地使用者将土地使用权归还给土地所有者行为营业税问题的通知》（国税函〔2008〕277号）规定，安徽省农业科学院将土地使用权归还给合肥市政府，只要出具市政府收回土地使用权的正式文件，无论支付征地补偿费的资金来源是否为政府财政资金，该行为均属于土地使用者将土地使用权归还给土地所有者的行为，按照《国家税务总局关于印发〈营业税税目注释（试行稿）〉的通知》（国税发[1993]149号）规定，不征收营业税。
二、关于土地增值税
《中华人民共和国土地增值税暂行条例》第八条（二）项规定：“因国家建设需要依法征用、收回的房地产，免征土地增值税。”《中华人民共和国土地增值税暂行条例实施细则》第十一条规定：“条例第八条（二）项所称的因国家建设需要依法征用、收回的房地产，是指因城市实施规划、国家建设的需要而被政府批准征用的房产或收回的土地使用权。”如果省农业科学院被合肥市土地管理部门收回土地符合上述规定，免征土地增值税。
三、关于企业所得税
根据《企业所得税法》和《财政部 国家税务总局关于专项用途财政性资金企业所得税处理问题的通知》（财税〔2011〕70号）精神，如果省农业科学院取得的土地补偿款能够提供规定资金专项用途的资金拨付文件、财政部门或拨付资金政府部门对该资金有专门的资金管理办法或具体管理要求、省农业科学院对该资金以及该资金发生的支出单独进行核算，可以作为不征税收入，否则应按企业所得税法相关规定征收企业所得税。
安徽省地方税务局
2016年1月4日